含腐植酸水溶肥多是当作基肥使用。提纯的腐植酸可以用于农作物的浇灌或喷洒，充当生长调节剂。除此之外，含腐植酸水溶肥还能用于浸种，可以让发芽率增高。其具体的使用方法如下： 
1、基肥。按照每亩0.02％～0.05％水溶液300～400kg跟农家肥一起拌施，或是挖坑、开沟基施。水田可以结合整地灌水施入。 
2、追肥。在幼苗期和抽穗期，按照每亩用0.01％～0.1％的水溶液250kg，在根系附近浇灌，随水灌施或泼浇都可以，使用后能够提苗、壮穗，促进农作物的生长发育。 
3、喷洒。对叶面进行二三次喷洒，在下午2点到6点喷洒最好。每次亩施0.01％～0.05％水溶液50～75kg，可以起到提高叶绿素含量，恢复根系活力，促进养分向果实、种子转移，改善作物品质的作用。 
4、浸种。以0.01％～0.05％的水溶液将蔬菜种子浸泡5～10小时。能够有效提高发芽率，提早出苗，使幼苗发根能力增强。 
5、浸插条、蘸秧根。蔬菜、甘薯等移栽作物，在移栽之前以0.05％～0.1％的腐植酸钠、腐植酸钾溶液进行数小时浸根，或在插秧时蘸秧根。可以达到快速发根，增加次生根，使缓秧期缩短，提高成活率的效果。